1、低等真菌
大多生长在水中或土壤中，主要病害有猝倒病、根腐病、霜霉病、白锈病、疫病、绵疫病等。一般在低温(15-20摄氏度)潮湿的春秋两季发病较多。
2、高等真菌
主要病害有赤霉病、白粉病、炭疽病、叶斑病、黑斑病等。如：麦类赤霉病；花生黑斑病；葡萄、苹果、桃、瓜类、麦类、豆类、甜菜白粉病；棉花、豆类、瓜类炭疽病；苹果、梨黑星病；桃、杏缩叶病；瓜类蔓枯病；葡萄黑腐病、房枯病；苹果轮纹病、黑腐病、腐烂病、干腐病；葱叶枯病；茄子褐纹病等。病害以点发生为多，受害部位有较明显的边缘，而形成一定形状的病斑。
3、最高等真菌
引起的病害主要有黑粉病、锈病、纹枯病和立枯病等。如：禾谷类作物的黑粉病、腥黑粉病、粒黑粉病、叶黑粉病，梨、桃、苹果、葡萄、豆类、花生、葱、向日葵锈病，棉花、茄子立枯病。一般只引起局部侵染，形成点发性症状。
真菌分类系统演变和比较
1、三纲一类的系统：
①藻状菌纲②子囊菌纲③担子菌纲④半知菌类
2、Ainsworth（1973）的系统：
真菌（菌物）界包括粘菌门和真菌门，其中真菌门包括5个亚门：①鞭毛菌亚门 ②接合菌亚门 ③子囊菌亚门 ④担子菌亚门 ⑤半知菌亚门。真菌5个亚门的主要特征：
3、Alexopoulus（1979）的系统：
①裸菌门 ②鞭毛菌门 ③无鞭毛菌门
4、《真菌词典》第9版（2001）分类系统，真菌分属三个界：
（1）原生动物界：①粘菌门②根肿菌门
（2）藻界：①丝壶菌门②网粘菌门③卵菌门
（3）真菌界：①壶菌门②接合菌门③子囊菌门④担子菌门